農業部環境保護科研監測所于1979年經國務院和農業部批準正式建立，直屬農業部領導，1997年劃歸中國農業科學院，2002被科技部、財政部、中編辦批準為非營利性科研機構。 農業部環境保護科研監測所在重金屬污染綜合防控、農業廢棄物資源化高效安全利用、農產品產地環境質量研究、農業環境監測與預警，轉基因生物環境安全及生態農業技術研究、養殖業污染綜合防控等方面開展工作。