儀器特點：

簡單、直觀的儀器工作流程
MiSeq系統內置直觀、易上手的儀器控制軟件。通過直觀觸摸屏界面可以方便地操作儀器，試劑盒即插即用、帶有RFID （無線射頻識別）追蹤，操作屏上會播放視頻向導，協助用戶一步步完成測序流程。
所有的MiSeq系統都可連接至BaseSpace ? ——Illumina的云端基因組分析平臺。BaseSpace可提供實時數據上傳，易用的數據分析工具，互聯網運行監控，以及安全、空間可調的數據儲存解決方案。一系列的數據分析工具，以及不斷加入的第三方BaseSpace應用程序，助力研究人員完成他們自身的生物信息學工作。BaseSpace還可以輔助將數據快速分享給同事或客戶。

每輪工作時間最短
將快速樣本制備方案和MiSeq系統結合起來，能夠給出所有新一代桌面式測序系統中最快的整輪測序時間，不再需要多達幾天的等待，而是數小時內就可以得到結果（圖2）。使用Nextera ? 文庫制備試劑，在90分鐘內即可準備好測序文庫，然后就可以在MiSeq儀器上開始完全自動化的原位簇擴增、測序及基于質量評分的堿基識別，在短短4小時內即可完成。3小時內，序列比對和突變確認可以在儀器內置的MiSeq Reporter軟件或BaseSpace上直接完成。

卓越的數據質量
Illumina邊合成邊測序技術是應用最多的新一代測序技術。基于可逆終止擴增ZG技術，檢測大規模、平行合成到DNA鏈上的單堿基，從而獲得卓越的數據質量。每個dNTP結合后，終止合成的熒光染料信號被捕獲記錄，然后被切除，從而能夠結合到下一個堿基中。每個循環中會加入全部四種可逆終止的dNTP，利用自然競爭將結合時的誤差最小化。堿基信號是在每個循環中通過對信號強度的檢測直接完成的，相比其他技術，這種方法顯著地降低了原始數據的錯誤率 1-5  。 ZZ達到精確的、每個堿基獨立測出的測序結果，即使對于重復性區域或者多聚體序列，也能基本消除由序列導致的誤差。Illumina測序針對最為敏感或最為復雜的測序樣本都能給出最高產出的無誤差數據。

應用范圍廣泛
測序可以實現的應用范圍在不斷增加。MiSeq更為快速和簡化的測序流程，使得它在靶向重測序、克隆檢測、擴增子測序等應用中，可以作為毛細管電泳（CE)測序的經濟替代方案。優化過的分析流程也適用于小基因組測序、16S宏基因組、RNA測序、HLA測序、法醫、植入前遺傳篩查（PGS）、植入前遺傳診斷（PGD），以及例如TruSeq ?Custom Amplicon和TruSeq Custom Enrichment的多重混合應用。可調的測序讀長、可選的測序芯片種類，以及單端或雙端測序的選擇，都前所未有地為多種實驗需求提供了相應數據產出的選擇靈活性。