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更溫和?更簡單?更可靠?一種抗原特異性 T 細(xì)胞克隆的新方法

來源:美谷分子儀器(上海)有限公司      分類:商機(jī) 2023-08-18 11:22:28 269閱讀次數(shù)
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前言:

抗原特異性 T 細(xì)胞克隆技術(shù)常應(yīng)用在開發(fā)治 療性疫苗和轉(zhuǎn)基因 TCR 細(xì)胞過繼轉(zhuǎn)移 (ACT) 等多種癌癥免疫療法策略中,目前存在的主要挑戰(zhàn)是識別免疫原性腫瘤特異性抗原源性肽。通過反向免疫可以預(yù)測和識別源自靶抗原基因序列的免疫原性肽[1-3],流程可分為識別腫瘤特異性轉(zhuǎn)錄本,預(yù)測和確定蛋白酶體切割位點,預(yù)測 HLA 分子與多肽結(jié)合和實驗驗證,評估所選抗原肽的體外和體內(nèi)免疫原性潛力以及分離特異性細(xì)胞溶解性 T 細(xì)胞克隆和驗證其腫瘤細(xì)胞識別能力。因此,開發(fā)癌癥免疫療法策略需要分離對免疫原性肽具有特異性的 T 細(xì)胞克隆。


目前,有限稀釋是最常見的 T 細(xì)胞克隆方法,依賴于統(tǒng)計概率來分離 T 細(xì)胞的單克隆,這種方法分離效率低,并且分離單克隆過程往往需要二次克隆,使基于有限稀釋的單克隆分離成為一種費力、低效、昂貴且耗時的方法。近日,法國勃艮第-弗朗什孔泰大學(xué) Romain Loyon 團(tuán)隊在 SLAS 技術(shù)發(fā)表文章中介紹了一種將磁性細(xì)胞分離和基于阻抗的單細(xì)胞分離技術(shù)相結(jié)合的新流程,該流程可溫和、簡單和可靠地分離特定 CD8+ T 單克隆細(xì)胞(Fig.1)[4]。DispenCell 依賴于基于阻抗的移液技術(shù),可在細(xì)胞分配期間檢測和記錄單細(xì)胞阻抗信號。用 DispenCell 將細(xì)胞懸液裝載到感應(yīng)槍頭中,根據(jù)指令將單個細(xì)胞單獨分配到不同規(guī)格孔板的一個或多個孔中,然后使用 DispenSoft 進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)量控制[5, 6]


Fig.1 使用 DispenCell 分離抗原特異性 T 細(xì)胞概述



實驗過程:

首先采集健康供體的血液細(xì)胞,用密度梯度離心法分離健康人血中的外周血單核細(xì)胞 PBMC 細(xì)胞。


在體外,作者利用 1μg/mL CEF 肽庫(CTL Eu-rope GmbH)處理來自健康供體樣品的總 PBMC,結(jié)合 MHC-I 分子,活化特異性 CD8+ T 細(xì)胞,并用 IL7(5ng/mL)和 IL2(20UI/mL)細(xì)胞因子培養(yǎng)細(xì)胞 14 天。


用 live/dead 染料標(biāo)記死活,anti-CD3、anti-CD4、anti-CD8 對細(xì)胞膜蛋白進(jìn)行染色后,Cytofix/CytopermTM 對細(xì)胞進(jìn)行固定和破膜,用 anti-IFNγ 和 anti-TNFα 染色,通過流式細(xì)胞術(shù)分析評估 T 細(xì)胞對 CEF 肽庫的特異性,測定約 25% 的 CD8+ T 細(xì)胞在 CEF 刺激下產(chǎn)生了 IFNγ。


對分泌 IFNγ 的 CEF 特異性 CD8+ T 細(xì)胞通過 IFNγ 磁性介導(dǎo)的 T 細(xì)胞分選進(jìn)行富集,并在含有輻照飼養(yǎng)層細(xì)胞、150UI/mL IL2 和 1pg/mL PHA 的條件下培養(yǎng) 14 天。細(xì)胞內(nèi) IFNγ 染色后,通過流式細(xì)胞術(shù)分析 CD8+ T 細(xì)胞特征進(jìn)一步增強(qiáng)了( Fig. 2)。


Fig.2 流式分析工作流程中 CD8+ T 細(xì)胞的特征


使用 DispenCell 對富集的 CEF 特異性 CD8+ T 細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞克隆。研究人員共分離了三塊 96 孔板用于測試 DispenCell 分配細(xì)胞克隆效率和可重復(fù)性,并使用 DispenSoft 對單細(xì)胞分離進(jìn)行基于阻抗的質(zhì)量控制。同時采用有限稀釋方法作為對照,分離后在含有輻照飼養(yǎng)層細(xì)胞,150UI/mL IL2 和 1pg/mL PHA 的條件下 T 細(xì)胞培養(yǎng)擴(kuò)增 14 天。


根據(jù)基于顆粒大小的直方圖(Fig.3A),將篩選閾值設(shè)置為 100 歐姆,以區(qū)分單個 T 細(xì)胞與碎片。軟件將含有不同數(shù)目顆粒的孔用顏色加以區(qū)分以便質(zhì)量控制(Fig.3B)。在該圖中,只有包含單個細(xì)胞的孔以綠色標(biāo)記,而其他孔則以紅色標(biāo)記,阻抗顯示單細(xì)胞(Fig.3C)和雙細(xì)胞(Fig.3D)的峰值特征。使用相同的軟件,我們可以訪問每個孔的阻抗曲線,以進(jìn)行額外的質(zhì)量控制。


Fig.3 DispenCell 分離單細(xì)胞的質(zhì)量控制


單細(xì)胞分離平均效率(綠色孔的百分比)為 83%,每塊板的平均分配時間為 8 分鐘。結(jié)果證明了 DispenCell 基于阻抗的單細(xì)胞分配技術(shù)的高效性和實用性,另外根據(jù)阻抗分布,軟件可提供即時的單克隆性理論證明。


作者為了進(jìn)一步證明 DispenCell 分離后細(xì)胞的單克隆性,對 DispenCell 或有限稀釋克隆方法分離的 CD8+ T 細(xì)胞克隆進(jìn)行了 TCRβ 鏈測序。通過檢測同一樣品中 TCRβ 位點的單克隆重排來證明樣品的單克隆性。測序分析表明,兩種克隆方法的樣品中 TCRβ 鏈主要為單克隆重排(Fig.4A),在使用 DispenCell 生成的 27 個生長克隆中,其中 25 個呈現(xiàn)對應(yīng)于 T 細(xì)胞單克隆的單一優(yōu)勢 TCR β 鏈序列(Fig.4B)。而通過有限稀釋,僅 18 個 T 細(xì)胞克隆表現(xiàn)單一優(yōu)勢 TCRβ 鏈序列。DispenCell 提供了比有限稀釋更高的單克隆效率和可靠性。


作者研究了 DispenCell 克隆方法對 CD8+ T 細(xì)胞功能的影響。使用 CEF 肽庫進(jìn)行體外刺激后,細(xì)胞內(nèi)流式細(xì)胞術(shù)分析表明,通過 DispenCell 分離并擴(kuò)增的 CD8+ T 克隆能夠產(chǎn)生大量的 IFNγ 和 TNFα(Fig.4C)。這些結(jié)果表明,DispenCell 克隆方法不會改變特定 CD8+ T 細(xì)胞克隆的功能。


Fig.4 CD8+ T 細(xì)胞單克隆性和功能特征的驗證


綜上,將磁性細(xì)胞分選與 DispenCell 單細(xì)胞克隆技術(shù)相結(jié)合,可溫和有效地分離活的單 CD8+ T 克隆。對比有限稀釋,使用 DispenCell 技術(shù)可以使 T 細(xì)胞克隆生成更容易,從而優(yōu)化反向免疫學(xué)策略以推進(jìn)癌癥免疫療法的發(fā)展。


討論

這一新工作流程為免疫學(xué)及其他領(lǐng)域蓬勃發(fā)展的常規(guī)克隆實驗提供了一種非常簡單且經(jīng)濟(jì)實惠的方法。本研究中使用的感應(yīng)探針是為 CHO 細(xì)胞系開發(fā)而開發(fā)的,其直徑比 T 細(xì)胞大兩到三倍。目前有研究希望改善機(jī)器信噪比以進(jìn)一步提高 DispenCell 的速度和可靠性[5],其中一種簡單方法是根據(jù)細(xì)胞大小調(diào)整槍頭孔徑的大小。我們預(yù)計,孔徑減小(約 20 μm)的新檢測吸頭在用于 T 細(xì)胞時應(yīng)具有更高的分配可靠性。


參考文獻(xiàn)

1. Celis, E., et al., Induction of anti-tumor cytotoxic T lymphocytes in normal humans using primary cultures and synthetic peptide epitopes. Proc Natl Acad Sci U S A, 1994. 91(6): p. 2105-9.

2. Boon, T. and P. van der Bruggen, Human tumor antigens recognized by T lymphocytes. J Exp Med, 1996. 183(3): p. 725-9.

3. Maecker, B., et al., Linking genomics to immunotherapy by reverse immunology--'immunomics' in the new millennium. Curr Mol Med, 2001. 1(5): p. 609-19.

4. Ben Khelil, M., et al., A new workflow combining magnetic cell separation and impedance-based cell dispensing for gentle, simple and reliable cloning of specific CD8+ T cells. SLAS Technol, 2022. 27(2): p. 130-134.

5. Bonzon, D., et al., Impedance-Based Single-Cell Pipetting. SLAS Technol, 2020. 25(3): p. 222-233.

6. Muller, G., et al., Traceable Impedance-Based Dispensing and Cloning of Living Single Cells. SLAS Technol, 2020. 25(3): p. 215-221.


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標(biāo)簽: T 細(xì)胞克隆技術(shù)

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